Ambas opciones en conjunto.
Un disco duro doméstico corre todos los riesgos que ya has mencionado. Además debes tener presente que un RAID o tener dos discos no te va a dar mayor seguridad. Basta que sufras un incendio o que te entren a robar para que cagues con toda tu información, a menos que ambos discos se encontraran en locaciones físicas diferentes (por ejemplo uno junto a tu PC y el otro en casa de un conocido o en la oficina), pero implicaría cierta paja adicional.
El almacenamiento en la nube tiene los contras que muchos han mencionado ya, pero a favor tiene que no corre mayores riesgos "domésticos" como caídas, incendios, robos, etc. (obviamente si usas esta opción tienes que subir tu información encriptada). Tienes la -casi- certeza de que si un día queda la zorra en tu PC o tienes que cambiarlo, bastará con conectarte a Internet y descargar todo.
Mi recomendación: si eres algo paranoico, un usuario que realmente valora sus datos y quiere tenerlos respaldados a prueba de balas, o simplemente una persona con sentido común que sabe que las cagadas pasan, por muy improbables que parezcan, tomarás ambas opciones.
Suerte, y recuerden liños que hay dos tipos de usuarios: los que han sufrido una cagada en su disco duro y los que la sufrirán.
EDIT: cuando hablamos de almacenamiento en la nube debes remitirte en todo momento a servicios online y de pago que efectivamente se dediquen a respaldar información en línea, tipo Carbonite (que sube copias encriptadas de tu disco, si no me equivoco), no a opciones como Dropbox, Google o hostings que sólo sirven para subir la serie del fin de semana, tipo Mediafire.
EDIT 2: la opción de respaldar en discos de doble capa o Blu-Ray es como el pico. Sin contar que son demasiado frágiles y susceptibles de dañarse a mediano plazo (por más que hables de ponerte guantes de goma antes de tomarlos y de guardarlos en cajas bajo tierra), la única certeza que tienes, en cuanto a su soporte, es que en menos de 10 años se utilizará otro formato y tendrás que darte la paja de volver a traspasar tu información a un nuevo medio.